Nahradit je má jediný program řízený MMR. O dotační programy mají přijít i ministerstva školství a životního prostředí. Podle premiéra Petra Nečase (ODS) chce vláda po zkušenostech s nynějším čerpáním mít kromě menšího množství programů také podstatně efektivnější řídící, monitorovací a auditní strukturu.

"Chceme vybudovat skutečně kompletní architekturu nového programovacího období tak, abychom reflektovali i mnohé neblahé zkušenosti, které máme z období tohoto," řekl dnes novinářům Nečas. Jako nereálná se podle něj ukázala představa, že je v administrativních kapacitách ČR starat se o nynější velký počet programů. Systém řízení je podle něj neefektivní, těžkopádný a jen složitě odhaluje některé problémy.

"Chceme mít účinnější systém řízení celé problematiky," řekl premiér. Definitivní podoba nejen programů, ale právě i řídící struktury by měla být hotova a schválena ještě letos.

Celkový počet všech tuzemských dotačních programů se má významně snížit ze současných 18 na šest. Dotace směřující do regionů má mít podobně jako v letech 2004-2006 na starosti ministerstvo pro místní rozvoj, které má podle návrhu řídit Integrovaný regionální operační program.

"Administrativní kapacity, které dnes tuto práci vykonávají, by byly zachovány. Není to o tom, že bychom chtěli jeden program stáhnout do Prahy na ústředí a z Prahy by se rozdělovaly výzvy. To by samozřejmě zůstalo na regionech," řekl v pondělí ministr pro místní rozvoj Kamil Jankovský. Hlavní rozdíl proti současnému stavu by podle něj spočíval v oblasti regionálních dotací v jednotné kontrole a metodice. Kraje už dříve vyjádřily s plánovanou změnou nesouhlas.

Ministerstvo průmyslu a obchodu má stejně jako nyní spravovat program na podporu podnikání, ministerstvo dopravy bude podle návrhu dále rozdělovat peníze určené na výstavbu páteřní dopravní infrastruktury. Program s názvem Zaměstnanost a vzdělávání by od roku 2014 mělo na starosti ministerstvo práce a sociálních věcí.

Návrh MMR naopak nepočítá s tím, že by se o dotační programy dál staralo ministerstvo školství. Tento úřad čelí dlouhodobě kritice za problémy s čerpáním dotací zvláště z programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost, potíže měl v minulosti i druhý jeho program Výzkum a vývoj pro inovace. O dotační program má přijít také ministerstvo životního prostředí.

Rozpracovaný návrh jednotlivých operačních programů má vláda dostat na stůl do konce letošního roku. V roce 2013 mají návrhy projít konečnou úpravou, v závěru příštího roku by měla materiál schválit Evropská komise.

O množství peněz, které bude mít Česko k dispozici v evropských fondech v období 2014-2020, zatím jasno není. Jankovský ale už dříve připustil, že to bude méně než nyní. Fondy navíc už nebudou poskytovat jen tradiční dotace, zvýší se podíl například výhodných půjček.

V období 2007 až 2013 může Česko získat z Bruselu 778,5 miliardy korun. Z toho dosud úřady proplatily ze státního rozpočtu 333,8 miliardy korun. Kvůli nesrovnalostem v tuzemském dotačním systému ale Česko na doporučení EK pozastavilo až do poloviny roku odesílání žádostí do Bruselu o zpětné proplacení dotací. Čas na nápravu dostala vláda do konce června.

Návrh tuzemských operačních programů pro období 2014-2020: